Objetivo: describir los posibles efectos adversos en salud y medio ambiente por el uso de plaguicidas en zonas productoras de Colombia e implementar las buenas prácticas agrícolas (BPA) en el cultivo de tomate. Material y método: se realizó un estudio descriptivo en el municipio de La Merced-Caldas con tres fases: una de diagnóstico, donde se seleccionaron 132 trabajadores del sector agrícola y se recolectaron muestras biológicas y ambientales. Una segunda fase de intervención en la cual se incluyeron 5 parcelas, en estas se implementaron las (BPA) y una fase de evaluación de estas parcelas. Se llevó a cabo análisis simple de las variables y se exploraron posibles asociaciones. Resultados: el tiempo de exposición a plaguicidas en promedio fue de nueve años. Con mayor frecuencia el sistema nervioso central (95,5%) fue el más afectado; seguido por órganos de los sentidos (46,2%); sistema digestivo (33,3%); piel (21,2%) y otros (19,7%). Se encontraron niveles de organoclorados en el 97,0% (128), inhibición de la enzima acetilcolinesterasa en el 34,1% (45) de los participantes y ningún nivel del metabolito etilentiourea. En las muestras ambientales se hallaron niveles de organofosforados en tomate y suelo. En el agua y lodo se detectaron niveles de organoclorados. La producción de tomate, mostró una diferencia estadísticamente significativa entre las parcelas con BPA y las tradicionales (p=0,020). Conclusiones: se evidenciaron los riesgos por uso de plaguicidas y la necesidad de fortalecer la vigilancia sobre los potenciales efectos para la salud que pueden producir los plaguicidas y mediante el empleo de las BPA.